المكتبات الفرعية وعددها 16 مكتبة، تتوزع على جميع فروع الجامعة في محافظة السيح وحوطة بني تميم والأفلاج والسليل ووادي الدواسر، ويبلغ عدد مقتنياتها من الكتب 32021 عنوان مشتملة على العديد من التخصصات الخاصة بالكليات.
المكتبات الفرعية: 
-    مكتبة كلية طب الاسنان بالخرج
-    مكتبة كلية العلوم والدراسات الإنسانية بالخرج (طالبات)
-    مكتبة كلية هندسة وعلوم الحاسب بالخرج (طالبات)
-    مكتبة كلية العلوم الطبية التطبيقية بالخرج (طالبات)
-    مكتبة كلية التربية (الخرج، الدلم) طالبات
-    مكتبة كلية إدارة الاعمال حوطة بني تميم
-    مكتبة كلية العلوم والدراسات الإنسانية حوطة بني تميم (طالبات)
-    مكتبة كلية العلوم والدراسات الإنسانية بالأفلاج (طالبات)
-    مكتبة الكلية التطبيقية بالأفلاج
-    مكتبة كلية العلوم والدراسات الإنسانية بالسليل (طالبات)
-    مكتبة كلية العلوم والدراسات الإنسانية بالسليل (طلاب)
-    مكتبة كلية التربية بوادي الدواسر
-    مكتبة كلية العلوم الطبية التطبيقية بوادي الدواسر (طالبات)
-    مكتبة كلية الآداب والعلوم بوادي الدواسر (طالبات)
-    مكتبة كلية الآداب والعلوم بوادي الدواسر (طلاب)
-    مكتبة كلية الهندسة بوادي الدواسر